Nezvěstný Allen je detektivní příběh přivádějící diváka do texaského městečka Waco a do Oklahoma City, středisek náboženských kultů. Film představuje pátrání po pohřešovaném Allenu Rossovi, chicagském filmaři a kameramanovi, jenž zmizel v listopadu 1995, několik týdnů po dokončení snímku o řece Mississippi. Projektem, na němž spolupracoval s režisérem Christianem Bauerem, vrcholilo několikaleté přátelství obou tvůrců. Čtyři a půl roku po zahájení vyšetřování prostřednictvím filmu zůstává Rossův osud obestřen tajemstvím. Existuje pouze několik vysvětlení podivného zmizení. Buď se skrývá z obavy před pomstou sekty, jejímž byl členem, nebo byl zavražděn. Temnotou obestírající záhadu prosvítají obecnější otázky, jak dobře známe své blízké a zda doopravdy můžeme pochopit, co se odehrává v jejich myslích.